一、网络金融机构自身的原因
网络金融风险产生的原因，无论是一般风险还是特殊风险，无非来自于以下几方面，即网络金融机构自身、客户、计算机网络系统和法律法规不够健全等。网络金融机构经营管理缺乏经验是产生网络金融风险的主要原因之一。网络金融是20世纪90年代中后期才出现的新生事物，如美国安全第一网络银行从成立至今只有10来年的历史。但是，由于网络金融具有超时空的优势，有利于金融机构争取尽可能多和尽可能广泛的客户，因而受到金融业的普遍青睐，一些传统的大银行纷纷开始自己的网站设计、开展网络金融业务。在网络金融规模和客户迅速扩大的同时，人们对网络金融的经营和管理不管是在经营管理理念、还是在经营管理策略方面都缺乏足够的经验，这就不可避免地会产生一系列的问题，从而导致网络金融面临各种风险。
比如，世界金融巨人花旗银行早在1997年就开始实施一项依托网络金融服务，将其客户群体从1亿扩大到10亿的宏伟计划，并提出成为网络金融和金融产业中电子商务的先行者。但是，最近，人们偶然发现该金融机构200名客户的个人资料(包括信用卡账号)均出现在俄罗斯一黑客网站上，这是花旗银行始料未及的，使人们感到非常震惊，也引起花旗银行和世界各国金融界的高度重视。
二、客户方面的原因
网络金融风险来自客户方面的原因主要是由于社会信用体系不够健全。以我国的网络银行为例，网络银行的信用风险成为发展我国网络银行业务的主要障碍。据某媒体报道，我国某市法院1999年审结各类官司1万余条，经济官司占六成以上，其中有80%系“坑、蒙、拐、骗”等无信用行为直接导致的经济纠纷。仅一家当地金融机构，一年当中就因追索逾期贷款不得不当了百余次原告。这反映了我国当前社会经济金融运行中人与人之间、企业与银行之间的信用观念是十分缺乏的，信用关系是相当混乱的。
任何一个社会，当它的成员不讲信用，并不必为失信支付相应代价或只须支付很小代价时，整个社会将要为此付出高昂的代价，即人际关系紧张、组织关系松弛、经济发展受阻、民族凝聚力下降，并最终波及整个社会的发展进步，危及国家民族的竞争能力。我国处于向社会主义市场经济转轨阶段，信用体系还不够完善，与发达国家存在很大的差距，规范信用关系的路还很长。
以企业之间提供的商业信用为例。我国企业间的逾期应收账款发生额远远高于发达国家。在发达的市场经济国家中，企业间的逾期应收账款发生额约占贸易总额的0.25%-0.5%；而在我国，这一比率却高达5%以上。1998年全国法院受理的经济纠纷和债权债务民事纠纷案件为289万件，约占法院全部受理案件的51%，在欧美国家中，企业间的信用支付方式已占80%以上，纯梓的现金交易方式已越来越少，只占5%一10%；而在我国，很多企业宁愿放弃大量订单和客户，却不肯采取信用结算方式，现金结算的比例高达30%一40%。
在个人信用方面，目前我国的个人信用评级和记载尚基本属于空白。直到1997年，金融中长期消费信贷才开始在住房、耐用消费品等领域开展，目前消费信贷规模约占金融信贷总规模的5%左右；信用卡偏重于储蓄功能，提供的消费信用功能非常有限。而在发达国家，消费信贷占金融信贷总规模的40%左右。
2000年6月28日，180万丽江市民率先拥有由资信公司作出的个人信用报告，中国内地个人信用制度不再是空白。丽江试点的联合征信制度在发达国家已有150多年的历史，它是建立个人信用制度的重要基础。对网络金融来说，信用更加重要，因为很多交易都是在不见面的“虚拟”环境下完成的。没有完善的信用体系，以信用为基础的网络金融发展将面临巨大的风险。